למרות שמי אמבט ג'קוזי בספא מטופלים לעתים קרובות בחומרי חיטוי כגון כלור או ברום כדי לעכב את צמיחתם של חיידקים ופטריות, חומרי חיטוי אלה אינם תרופת פלא, והכימיקלים והמיקרואורגניזמים במים עדיין עלולים להשפיע על בריאות המשתמש.
כאשר קשיות המים באמבטיית הג'קוזי החיצונית גבוהה מדי, הבעיה הנפוצה ביותר היא הצטברות אבנית. על מנת להפחית את היווצרות האבנית, ניתן לאמץ את השיטות הבאות:
● השתמשו במרכך מים
● השתמשו במייצב איכות מים
● נקו את מערכת זרימת המים באופן קבוע
ברוב אמבטיות הג'קוזי בספא, מחסנית המסנן ממוקמת בדרך כלל ליד פני המים, משובצת מתחת למיכל המסנן או למכסה המסנן. מיקום זה מאפשר למסנן לגעת ישירות בפני המים ולהסיר במהירות זיהומים צפים.
